Am 11. September 1989 gründeten Lufthansa (40 %), Turkish Airlines (40 %) und türkische Investoren (20 %) die Ferienfluggesellschaft SunExpress mit Sitz in Antalya. Mit einer geleasten Boeing 737-300, die sinnigerweise auf TC-SUN registriert wurde, nahm die Airline am 2. April 1990 den Flugbetrieb auf, wobei die erste Route nach Frankfurt führte. In kurzer Folge wurde Routen sowohl vom Firmensitz als auch von Izmir und Istanbul nach München, Nürnberg, Münster/Osnabrück und Salzburg aufgenommen. In den ersten beiden Betriebsmonaten sorgten 64 Mitarbeiter dafür, dass rund 9.000 Urlauber ihre Ferienorte a der Türkischen Riviera erreichten. Nach dem ersten vollen Betriebsjahr waren es dann schon 75.000.

Dämpfer durch den Golfkrieg
Für das weitere Wachstum wurde im April 1990 eine zweite Boeing 737-300 in Dienst gestellt, der im Juni eine dritte Maschine folgte. Doch der erste Golfkrieg brachte den Türkei-Tourismus nahezu zum Erliegen. Nachdem sich 1992 die Lage wieder entspannt hatte, setzte Sun Express wieder zum Höhenflug an und meldete mit 40.000 Fluggästen allein im Juli einen neuen Rekord. Im gesamten Jahr hatte man 360.000 Passagiere an Bord begrüßt, wodurch erstmals Schwarze Zahlen geschrieben wurden.

Der Einmillionste Passagier
Im Mai 1993 wurde den drei Boeing 737-300 eine vierte Maschine zur Seite gestellt, diesmal aber in der größeren Version -400. Zur Abdeckung der Spitzen flog außerdem ein von TransLift geleaster Airbus A320 für das türkische Unternehmen. Noch vor Jahresende konnte man den einmillionsten Passagier begrüßen.
Im Winterflugplan 1993/94 tauchte erstmals Dalaman auf – die Türkische Riviera war als Ganzjahresziel nun etabliert. Sun Express hatte einen Marktanteil von 17 % erobert und verteidigte diesen erfolgreich gegen mittlerweile 11 andere Airlines. Die Flüge konnten durch Eintreffen einer fünften Boeing 737, wiederum in der Version -400, zum November 1994 abermals gesteigert werden. Auch der gemietete A320 flog für Jahre regelmäßig zur Hochsaison für Sun Express. In den kommenden Jahren beförderte Sun Express kontinuierlich um die 900.000 Passagiere – dies waren zu 70 % Deutsche.

Eigentümerwechsel
1996 übergab das Gründungsmitglied Lufthansa ihre Anteile der eigenen Tochter Condor, um die Charteraktivitäten unter einem Dach zu haben. Im Spätsommer 1999 vereinbarte SunExpress die Anmietung von vier 737 der neuesten Version -800, um die gesamte Flotte zu erneuern. Die erste wurde noch am 14. Dezember 1999 übergeben; bis zum Ende des 1. Quartals 2000 waren dann alle da. Die neuen Maschinen boten den Passagieren neue Annehmlichkeiten wie Kinofilme oder ein Audio-Entertainment-System. Airline und Kunden waren begeistert und so schob SunExpress 2002 eine Folgeorder über vier weitere Maschinen. Im Flugplan war Innsbruck als neues Ziel ab 1999 vermerkt, während Frankfurt - Antalya am 27. April 2001 die erste Linienverbindung der Airline wurde – gefolgt von München – Antalya ein Jahr später.

Flottenausbau
2002 flogen erstmals über eine Million Fluggäste innerhalb eines Jahres mit SunExpress; 2004 war die Marke von 10 Mio. Passagieren seit Aufnahme der Dienste geknackt.Eine neunte Boeing 737-800 und eine erste Boeing 757-200 ermöglichten den Ausbau der Dienste insbesondere ab Köln/Bonn ab 2005. Auch Zürich und Basel werden nun per Linie bedient. Neben Antalya setzte SunExpress nun auch verstärkt auf Izmir und legte von hier Routen nach Berlin-Schönefeld, Hannover, Stuttgart und Zürich auf. Möglich wurde dies durch die Anmietung von drei weiteren Boeing 757-200. Ein weiteres wichtiges Ereignis 2005 war auch die Aufnahme von Inlandsdiensten mit zwei 737-800. 2006 wurden hier weitere neue Liniendienste nach West- und Zentraleuropa aufgelegt und Folgeorders über 737-800 ausgesprochen.
Lufthansa verkaufte Anfang 2007 ihre Condor-Anteile an Karstadt-Quelle. Die SunExpress-Beteiligung gehörte aber nicht zum Geschäft, so dass die Anteile nun wieder bei Lufhansa liegen.