Der Flugbetrieb wurde am 27. Februar mit Verbindungen nach London-Stansted und Kopenhagen aufgenommen. Erstes Fluggerät war eine Boeing 737-300, die man von der englischen Astreus angemietet hatte. Die Tarife liegen nach eigener Auskunft bis zu 80 % unter denen der Konkurrenz. Da die neue Airline die Flugfrequenzen steigern wollte, stieß zum April 2004 eine zweite 737-300, ebenfalls von Astreus, zur Flotte. Doch schon im Mai 2005 wurden beide Boeings durch MD-82 ersetzt. Diese werden von JetX, einer weiteren isländischen Airline betrieben. Als neues Ziel kam Frankfurt-Hahn zum September 2005 hinzu, geflogen wird aber nur je nach Saison.
Als sich das Jahr langsam dem Ende neigte, verkündete die schweizer Airline Hello, dass sie ab Frühjahr 2006 drei MD-90 für die Isländer per ACMI-Leasing betreiben wird. Bei dieser Leasingform werden das Flugzeug, die Crew, die Wartung und die Versicherung in einem Paket angeboten (ACMI - Aircraft, Crew, Maintenance, Insurance). Die Laufzeit beträgt zunächst zwei Jahre - mit Option zur Verlängerung. Durch die schlagartig vergrößerte Flotte war es Iceland Express möglich, zum Mai 2006 neue Routen nach Alicante, Berlin-Schönefeld, Friedrichshafen, Götheborg-Landvetter und Stockholm-Arlanda aufzunehmen. Zudem wurde Kopenhagen auch ab Akureyri bedient. Als weitere Wunschziele werden Hamburg und Bergen benannt.