Die heutige Blue 1 wurde 1988 unter dem Namen Air Botnia in Helsinki gegründet. In Kooperation mit Finnair sollten Inlandsstrecken erschlossen werden, für die Finnair keine geeigneten kleinen Flugzeuge hatte. Da etwa 40 % der fünf Millionen Finnen im Süden des Landes leben, ist der Rest beinahe menschenleer. Die neue Air Botnia setzte als erste Flugzeuge drei Embraer 110 Bandeirante mit je 19 Sitzplätzen sowie eine Swearingen Merlin und eine Cessna 402 ein. Das neue Angebot wurde rasch angenommen – auch von Jägern und Fischern, die so bequemer und schneller in die Jagdreviere gelangten. Im Januar 1995 wurde dann sogar mit der Route Rovaniemi – Murmansk die Landesgrenze überflogen. Eingesetzt wurde hier 2x wöchentlich eine von vier neu angemieteten BAe Jetstream 31. In ihnen konnten ebenfalls 19 Passagiere mitfliegen. Doch neue Flugzeuge und die Auslandsroute waren dann wohl doch zuviel auf einmal und Air Botnia musste im Frühjahr 1995 den Flugbetrieb, kurz vor dem Konkurs stehend, aussetzen.

SAS steigt ein
Die Firmengründer zogen sich zurück (bauten aber später die heute erfolgreiche Regional-Airline Finncomm Airlines auf). Ein neues Management übernahm das Ruder, so dass zum Juli 1995 der Betrieb wieder anlaufen konnte.
Ende der 1990er Jahre versuchte SAS Scandinavian ihre Position im Norden Europa zu stärken. Nachdem man in Norwegen die Braathens übernommen hatte, übernahm sie im Januar 1998 die zum Verkauf ausgeschriebene Air Botnia zu 100 %. Das wiederum neu installierte Management hatte nun den Auftrag, in Konkurrenz zur Finnair zu fliegen – und zwar nicht nur im Inland. Air Botnia sollte nun auch die Passagiere mit Langstreckenambitionen nicht mehr nach Helsinki, sondern sie zu den SAS-Hubs Stockholm und Kopenhagen fliegen. Darüber hinaus sollten auch Routen von Helsinki zu anderen europäischen Städten etabliert werden. Für das neue Geschäftsmodell erhielt Air Botnia im Sommer 1998 von SAS vier gebrauchte Saab 340 die mit je 34 Sitzplätzen eine fast doppelt so große Kapazität im Vergleich zur Jetstream 31 boten. Zum Frühjahr 1999 wurden zusätzlich noch die ersten Jets in Form von 75-sitzigen Fokker 28-4000 übergeben. Im Oktober 1999 übernahm Air Botnia dann auch die erste SAS-Route, die von Aland nach Stockholm führte. Im Mai 2000 folgte die Route Helsinki – London Stansted, die über Bergen geroutet wurde. Die Dienste liefen gut an, so dass 2001 die Saab 340 durch größere Saab 2000 mit 47 Sitzplätzen ersetzt wurden. Doch auch die alten Fokker 28 mussten dringend ersetzt werden, da ab Herbst 2001 strengere Lärmvorschriften galten. Man entschied sich für die vierstrahlige Avro RJ85, die noch 2001 übergeben wurden.
In den nächsten Jahren wurden nicht nur immer mehr finnische Städte mit Stockholm oder Kopenhagen verbunden, sondern auch Routen von Helsinki nach Brüssel, Genf und Düsseldorf eröffnet. Weitere Strecken – auch in Richtung Russland - waren in Planung. Dafür musste aber der Flottenpark erweitert werden. Die Produktion der Avros war aber inzwischen eingestellt worden, doch Air Botnia konnte die vier letzten RJ85/ RJ100 im Rahmen eines Langzeitleasings zum November 2003 übernehmen.

Ein neuer Name
Der Name Air Botnia wurde nun als zu provinziell empfunden. Die Entwicklung zu einer europaweit agierenden, modernen Airline sollte auch nach außen kommuniziert werden. So gab sich die Airline am 1. Januar 2004 den neuen Namen Blue 1. Die Flugzeuge erhielten die blau-weißen Landesfarben, während die „1“ im Namen den Führungsanspruch verdeutlichen soll. Außerdem trat man als erster Regionalpartner der Star Alliance bei.
Neue Strecken nach Berlin, Hamburg, Zürich und Amsterdam tauchten nun bald im Flugplan auf, während andere wie Genf, Düsseldorf oder Brüssel wegen mangelnder Auslastung wieder entfielen. Nachdem Blue 1 vom Mutterkonzern SAS drei MD-90-30 übernahm, folgten längere Routen zu beliebten Zielen wie Athen, Paris, Nizza, Barcelona, Madrid und Rom.